El Ferrocarril de Panamá (en inglés: Panama Canal Railway Company) es la línea ferroviaria que une el océano Atlántico con el océano Pacífico a través de Panamá en América Central.
Desde el año 1998 el ferrocarril de Panamá es propiedad conjunta de la Kansas City Southern Railway y Panamá Holdings, LLC. La ruta se extiende 48 millas (77 km) a través del istmo de Panamá, desde Colón a la ciudad de Panamá (por medio de Gatún, Bujio, Barbacoas, Matachin, y Summit).
Al abrir sus puertas en 1855 se le denominó “ferrocarril interoceánico”, que más tarde fue descrito como el primer ferrocarril transcontinental en el mundo.
El principal incentivo para la construcción de la línea de ferrocarril fue el gran aumento de tráfico de California debido a la Fiebre del Oro de 1849.
La construcción del Ferrocarril de Panamá se inició en 1850 y el primer tren de pasajeros recorrió más de la longitud total el 28 de enero de 1855.
El ferrocarril fue de gran ayuda en la construcción del canal. Partes de la ruta de ferrocarril fueron trasladadas durante la construcción del canal, y se realizaron mejoras considerables al sistema ferroviario. Además del canal, las obras de reconstrucción y mejoras al ferrocarril de Panamá culminaron en 1914.
Después de la Segunda Guerra Mundial se realizaron algunas mejoras adicionales al Ferrocarril de Panamá, debido a la decadencia en que se encontraba después que el gobierno de los EE.UU. entregara el control al gobierno de Panamá en 1979.
El 19 de junio de 1998, el gobierno de Panamá le devolvió el control a la empresa Panama Canal Railway Company (“PCRC”), una empresa conjunta entre el «Kansas City Southern Railroad» y la empresa de capital privado Lanigan Holdings, LLC.
En 2000 y 2001 a través de un mega proyecto se realizaron mejoras al ferrocarril para el manejo de grandes contenedores, a fin de complementar el transporte de carga del Canal de Panamá.
La línea es ahora de un solo tramo con algunas secciones de doble vía estratégicamente colocadas. El equipo rodante se caracteriza por vagones con cúpulas de cristal que datan de 1938.
Originalmente el Ferrocarril de Panamá tenía una ancho de vía de 1.524 mm, a su reconstrucción en el año 2000, fue cambiado a 1.435 mm para que se pudiera utilizar material rodante de trocha estándar. El original fue elegido por ser habitual en el Sur de Estados Unidos antes de la conversión al estándar, después de la Guerra Civil.
En la actualidad, el principal rol del ferrocarril es de servir como un enlace intermodal de trasbordo para embarques en contenedores entre puertos del Atlántico y Pacífico. Sin embargo, el servicio de pasajero permite a los viajeros disfrutar de una travesía en medio de la exuberante selva de Panamá a lo largo de la ruta del Canal de Panamá.
El ferrocarril sigue una ruta pintoresca a través del Istmo. La vía bordea el Canal pasando por una selva tropical, transitando junto a las esclusas, a través del histórico Corte Culebra y surcando sobre angostas calzadas en el lago Gatún.
El servicio de pasajeros entre las ciudades de Panamá y Colón está dirigido a ejecutivos y comerciantes que se desplazan para trabajar entre ambas ciudades, al igual que a turistas en general y el movimiento de carga.